ΠΟΛ.1017/16.2.2009

Παροχή οδηγιών για την εφαρμογή των διατάξεων των άρθρων 1-11 του Ν.3259/2004, σχετικά με την περαίωση εκκρεμών φορολογικών υποθέσεων, όπως αυτές ισχύουν ύστερα από τον Ν.3746/2009

Α. Γενικά
Με τις διατάξεις του άρθρου 89 του Ν.3746/2009 (ΦΕΚ 27/Α’/16.2.2009) «Ταμείο Εγγύησης Καταθέσεων και Επενδύσεων (ΤΕΚΕ), ενσωμάτωση των Οδηγιών 2005/14/ΕΚ για την υποχρεωτική ασφάλιση οχημάτων και 2005/68/ΕΚ σχετικά με τις αντασφαλίσεις και λοιπές διατάξεις» επανέρχονται σε ισχύ οι διατάξεις των άρθρων 1-11 του Ν.3259/2004 «Περαίωση εκκρεμών φορολογικών υποθέσεων, ρύθμιση ληξιπρόθεσμων χρεών και άλλες διατάξεις», όπως αυτές ίσχυσαν με βάση και το άρθρο 28 του Ν.3697/2008, παράλληλα δε επέρχονται σε αυτές και ορισμένες μεταβολές.Οι κατά τα ανωτέρω διατάξεις του Ν.3259/2004 και οι επελθούσες μεταβολές, καθώς και η περαίωση των εκκρεμών υποθέσεων βάσει αυτών, ισχύουν από τη δημοσίευση του Ν.3746/2009 στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, δηλαδή από 16.2.2009.
Κατόπιν αυτών, σας παρέχουμε τις αναγκαίες διευκρινίσεις μετά και από τις μεταβολές που επήλθαν με τις διατάξεις αυτές, καθώς και ορισμένες πρόσθετες οδηγίες πέραν αυτών που είχαν δοθεί με σχετικές προγενέστερες εγκυκλίους διαταγές μας.

Β. Οδηγίες περαίωσης εκκρεμών υποθέσεων μετά και από τις μεταβολές που επήλθαν με τις διατάξεις του άρθρου 89 του Ν.3746/2009
1. Σύμφωνα με τις ανωτέρω διατάξεις του Ν.3746/2009, εξαιρούνται και δεν υπάγονται στη ρύθμιση περαίωσης οι υποθέσεις για τις οποίες δεν έχει υποβληθεί μέχρι και τις 30.9.2008 εμπρόθεσμη ή εκπρόθεσμη αρχική δήλωση φόρου εισοδήματος ή εκκαθαριστική δήλωση ΦΠΑ για κάποια από τις ανέλεγκτες χρήσεις.
Σημειώνεται ότι, σε περίπτωση μη υποβολής δήλωσης φόρου εισοδήματος ή εκκαθαριστικής δήλωσης ΦΠΑ σε ενδιάμεση χρήση, της ρύθμισης εξαιρείται η συγκεκριμένη χρήση και οι επόμενες αυτής. Οι προηγούμενες της χρήσης αυτής διαχειριστικές περίοδοι (εφόσον είναι σε εκκρεμότητα) μπορούν να υπαχθούν στη ρύθμιση και να περαιωθούν.
Δεν εξαιρείται από την περαίωση υπόθεση για την οποία σε μία ή περισσότερες χρήσεις δεν έχουν υποβληθεί εκκαθαριστικές δηλώσεις ΦΠΑ, αλλά έχουν υποβληθεί μέχρι και 30.9.2008 όλες οι περιοδικές δηλώσεις ΦΠΑ των χρήσεων αυτών. Στις περιπτώσεις αυτές, τα αθροιστικά δεδομένα των ετήσιων περιοδικών δηλώσεων ΦΠΑ υποκαθιστούν τα δεδομένα της αντίστοιχης εκκαθαριστικής δήλωσης.
Διευκρινίζεται ότι, σε περίπτωση κατά την οποία δεν έχει υποβληθεί αρχική δήλωση φόρου εισοδήματος ή εκκαθαριστική δήλωση ΦΠΑ, αλλά έχει διενεργηθεί έλεγχος και τα φύλλα ελέγχου έχουν κοινοποιηθεί μέχρι τις 16.2.2009, η υπόθεση αυτή δεν εξαιρείται και μπορεί να υπαχθεί στη ρύθμιση περαίωσης.
2. Τα δηλούμενα ακαθάριστα έσοδα για το επάγγελμα με Κ.Α. 4235 (έμπορος πετρελαίου θέρμανσης διανομή κατ’ οίκον) πολλαπλασιάζονται με συντελεστή λογιστικών διαφορών 12‰. Ο προαναφερόμενος συντελεστής υπολογίζεται επί του συνόλου των ακαθάριστων εσόδων των ως άνω επιχειρήσεων, ανεξαρτήτως της δραστηριότητας από την οποία προέρχονται τα έσοδα αυτά (π.χ. επιχείρηση που διανέμει πετρέλαιο θέρμανσης κατ’ οίκον και παράλληλα αναλαμβάνει και καθαρισμούς κτιρίων). Για τους εμπόρους (πρατήρια) βενζίνης και πετρελαίου (Κ.Α. 4214), οι οποίοι διανέμουν και πετρέλαιο θέρμανσης κατ’ οίκον, το σύνολο των ακαθάριστων εσόδων τους και από τις δύο δραστηριότητες ή και τυχόν άλλες δραστηριότητες πολλαπλασιάζεται με συντελεστή λογιστικών διαφορών 0,7%.
3. Για τους τηρούντες βιβλία Γ’ κατηγορίας του ΚΒΣ με επάγγελμα με Κ.Α. 5402 (πρατήριο χονδρικής πωλήσεως προϊόντων καπνοβιομηχανίας ή έμπορος προϊόντων καπνοβιομηχανίας, χονδρικώς), το ποσό του φόρου περαίωσης δεν μπορεί να είναι μικρότερο από 1,5‰ του ποσού του συνόλου των ακαθάριστων εσόδων (δηλωθέντων και τυχόν αποκρυβέντων). Σε κάθε περίπτωση, το παραπάνω ποσό φόρου δεν μπορεί να είναι μικρότερο των 600 ευρώ.
4. Προβλέπεται πλέον ρητά, για νομοτεχνικούς λόγους και για αποφυγή τυχόν αμφισβητήσεων, ότι σε κάθε περίπτωση απόκρυψης φορολογητέας ύλης, κατά την έννοια της παρ. 3 του άρθρου 2 του Ν.3259/2004, όπως ισχύει, τα συγκεκριμένα ποσά της απόκρυψης προσαυξάνουν τα δηλούμενα ακαθάριστα έσοδα του οικονομικού έτους που αφορούν και περαιτέρω ο συντελεστής υπολογισμού του φόρου προσαυξάνεται σύμφωνα με τα οριζόμενα στις περ. α’ έως και ε’ της παρ. 4 του άρθρου 6 του ίδιου νόμου. Σχετικές όμοιες οδηγίες για το θέμα αυτό έχουν ήδη δοθεί με την υπ’ αριθ. 1098594/4811/ΔΕ-Β/ΠΟΛ.1130/2.10.2008 εγκύκλιο. Υπενθυμίζεται ότι, σε όλες τις άλλες περιπτώσεις που υπάρχει κάποια από τις παραβάσεις που αναφέρονται στην παρ. 5 του άρθρου 2 του υπόψη νόμου, πλην όμως δεν προσδιορίζεται το ύψος της αποκρυβείσας φορολογητέας ύλης, ο συντελεστής υπολογισμού του φόρου προσαυξάνεται σύμφωνα με τα οριζόμενα στην περ. στ’ της παρ. 4 του άρθρου 6 αυτού.
5. Ο επιτηδευματίας του οποίου υπόθεση εκκρεμεί ενώπιον των διοικητικών δικαστηρίων και δεν έχει συζητηθεί στο ακροατήριο του δευτεροβάθμιου δικαστηρίου, αν επιθυμεί την περαίωσή της μαζί με τις επόμενες ανέλεγκτες χρήσεις, σύμφωνα με τις νέες διατάξεις του Ν.3746/2009, θα πρέπει να υποβάλει την προβλεπόμενη από την παρ. 6 του άρθρου 9 του Ν.3259/2004 αίτηση το αργότερο μέχρι τις 20.2.2009, εφαρμοζομένων στις περιπτώσεις αυτές των σχετικών οδηγιών που έχουν δοθεί με την υπ’ αριθ. 1098594/4811/ΔΕ-Β/ΠΟΛ.1130/2.10.2008 εγκύκλιο. Σημειώνεται ότι για τις προαναφερόμενες υποθέσεις, για τις οποίες είχαν υποβληθεί σχετικές αιτήσεις στην αρμόδια ΔΟΥ μέχρι τις 25.11.2008 και εκκρεμεί ακόμα η περαίωση και από την προσκομισθείσα βεβαίωση του αρμόδιου διοικητικού δικαστηρίου δεν προκύπτει η ημερομηνία συζήτησής τους στο ακροατήριο, θα προσκομίζεται νέα βεβαίωση από το αρμόδιο δικαστήριο και μετά θα ακολουθεί η περαίωση.
6. Η έκδοση των Εκκαθαριστικών Σημειωμάτων της παρ. 1 του άρθρου 9 του Ν.3259/2004, καθώς και η υποβολή αυτών από τους ίδιους τους επιτηδευματίες στον προϊστάμενο της ΔΟΥ, σύμφωνα με τις διατάξεις της παρ. 9 του ίδιου άρθρου, για την περαίωση των εκκρεμών φορολογικών υποθέσεων κατά τις διατάξεις των άρθρων 1-11 του ανωτέρω νόμου και του άρθρου 28 του Ν.3697/2008 και σύμφωνα και με τα αναφερόμενα στις προηγούμενες παραγράφους της παρούσας, λήγει στις 27.2.2009. Σημειώνεται ότι, για τη διευκόλυνση των επιτηδευματιών (πιστοποιημένοι χρήστες) που επιθυμούν να υποβάλουν οι ίδιοι το οικείο Απογραφικό Δελτίο – Μηχανογραφημένο Εκκαθαριστικό Σημείωμα για την περαίωση των εκκρεμών φορολογικών υποθέσεών τους, εξακολουθεί να υφίσταται η δυνατότητα χρήσης της εφαρμογής που βρίσκεται στην ηλεκτρονική διεύθυνση www.gsis.gr της Γενικής Γραμματείας Πληροφορικών Συστημάτων (ΓΓΠΣ). Στην προαναφερόμενη ηλεκτρονική διεύθυνση θα παρέχονται για κάθε ενδιαφερόμενο αναλυτικές οδηγίες για τη συμπλήρωση του Απογραφικού Δελτίου – Μηχανογραφημένου Εκκαθαριστικού Σημειώματος.
7. Υποθέσεις για τις οποίες εκδόθηκαν ή υποβλήθηκαν τα Εκκαθαριστικά Σημειώματα του άρθρου 9 του Ν.3259/2004, στο πλαίσιο εφαρμογής των διατάξεων των άρθρων 1-11 του νόμου αυτού, καθώς και των διατάξεων του άρθρου 28 του Ν.3697/2008, για τις οποίες εκκρεμεί ενδεχομένως ακόμα η διαδικασία περαίωσης, περαιώνονται κατά τις διατάξεις αυτές, με βάση και τις μεταβολές που επέρχονται σύμφωνα με τις πιο πάνω παρ. 2 και 3 της παρούσας. Ευνόητο βεβαίως είναι ότι, αν εν τω μεταξύ έχουν περιέλθει στην αρμόδια ΔΟΥ στοιχεία και πληροφορίες σχετικά με τις υποθέσεις αυτές και γενικά εάν μεταβλήθηκαν τα δεδομένα του οικείου φακέλου, η περαίωση θα γίνει υπό το βάρος των μεταβολών αυτών.
8. Παρέχεται η δυνατότητα για όλες γενικά τις υποθέσεις επιτηδευματιών για τις οποίες εκδόθηκαν μέχρι 31.12.2008 τα Εκκαθαριστικά Σημειώματα της παρ. 1 του άρθρου 9 του Ν.3259/2004, στο πλαίσιο εφαρμογής των διατάξεων των άρθρων 1-11 του νόμου αυτού, καθώς και των διατάξεων του άρθρου 28 του Ν.3697/2008, τα οποία και κοινοποιήθηκαν περαιτέρω, αλλά τελικά δεν επήλθε περαίωση κατά τις ανωτέρω διατάξεις, να περαιωθούν κατά τις διατάξεις αυτές, λαμβανομένων υπόψη και των μεταβολών που επέρχονται σύμφωνα με τις πιο πάνω παρ. 2 και 3 της παρούσας, εντός προθεσμίας δέκα (10) ημερών από την επίδοση, το αργότερο μέχρι 27.2.2009, σχετικής έγγραφης πρόσκλησης από την αρμόδια ΔΟΥ. Σχετικό υπόδειγμα της πρόσκλησης αυτής επισυνάπτεται στην παρούσα για τη διευκόλυνση των ΔΟΥ.
Η κατά τα ανωτέρω περαίωση μπορεί να διενεργείται και κατόπιν σχετικής γραπτής αίτησης του ίδιου του επιτηδευματία προς την αρμόδια ΔΟΥ, η οποία υποβάλλεται το αργότερο μέχρι την ίδια επίσης ως άνω ημερομηνία (27.2.2009). Η περαίωση και στις περιπτώσεις αυτές διενεργείται εντός της ίδιας ως άνω προθεσμίας δέκα (10) ημερών από την υποβολή της αίτησης. Σκόπιμο είναι σε αυτές τις περιπτώσεις, για την αποφυγή δεύτερης προσέλευσης των φορολογούμενων στις ΔΟΥ, η περαίωση να γίνεται άμεσα μετά από την υποβολή της αίτησης από τον ίδιο τον φορολογούμενο ή νόμιμα εξουσιοδοτημένο από αυτόν πρόσωπο, εκτός αν αυτό είναι εξαιρετικά δυσχερές ή ο ίδιος ο φορολογούμενος δεν επιθυμεί την άμεση περαίωση.
9. Επισημαίνεται ότι η κατά την προηγούμενη παράγραφο δυνατότητα και διαδικασία καταλαμβάνει αποκλειστικά και μόνο τα εκδοθέντα μέχρι την 31.12.2008 και κοινοποιηθέντα περαιτέρω Εκκαθαριστικά Σημειώματα των οποίων η προθεσμία αποδοχής είχε ήδη λήξει κατά την 16.2.2009, ημερομηνία δημοσίευσης του Ν.3746/2009. Για τα Εκκαθαριστικά Σημειώματα που εκδόθηκαν μεν μέχρι την 31.12.2008, αλλά κατά την 16.2.2009 εκκρεμούσε ακόμα η αποδοχή τους είτε επειδή είχαν μέχρι την ημερομηνία αυτή κοινοποιηθεί αλλά δεν είχε λήξει ακόμα η δεκαήμερη προθεσμία αποδοχής είτε επειδή ενδεχομένως κατά την εν λόγω ημερομηνία δεν είχαν για οποιονδήποτε λόγο ακόμα κοινοποιηθεί, συνεχίζει η διαδικασία αποδοχής βάσει των διατάξεων των άρθρων 1-11 του Ν.3259/2004 και του άρθρου 28 του Ν.3697/2008, εφαρμοζομένων στις περιπτώσεις αυτές των αναφερόμενων στην πιο πάνω παρ. 7 της παρούσας.
10. Εφόσον για τις υποθέσεις της πιο πάνω παρ. 8 της παρούσας έχουν περιέλθει στην αρμόδια ΔΟΥ πάσης φύσεως στοιχεία και πληροφορίες, οι οποίες αρχικά δεν υφίσταντο και γενικά εφόσον έχουν μεταβληθεί τα δεδομένα του οικείου φακέλου, η περαίωση γίνεται κατά τα οριζόμενα στην εν λόγω παράγραφο, υπό το βάρος των νέων δεδομένων και με την προϋπόθεση ότι οι υποθέσεις αυτές συνεχίζουν να είναι εκκρεμείς και δεν συντρέχει οποιοσδήποτε λόγος εξαίρεσης.
Στις προαναφερόμενες περιπτώσεις, θα τροποποιείται κατά τον χρόνο της περαίωσης, με βάση τις μεταβολές που έχουν επέλθει, το Εκκαθαριστικό Σημείωμα που είχε αρχικά εκδοθεί, ενώ αν δεν έχουν επέλθει μεταβολές η περαίωση θα γίνεται επί του ήδη εκδοθέντος Εκκαθαριστικού Σημειώματος, ως έχει.
11. Για όλα τα λοιπά εν γένει θέματα εφαρμογής των νέων διατάξεων του άρθρου 89 του Ν.3746/2009 ισχύουν οι κατά περίπτωση οδηγίες που έχουν δοθεί με τις υπ’ αριθ. 1098594/4811/ΔΕ-Β/ΠΟΛ.1130/2.10.2008 και 1116477/5189/ΔΕ-Β/ΠΟΛ.1156/21.11.2008 εγκυκλίους. Όπου στις εγκυκλίους αυτές αναφέρεται η ημερομηνία 25.9.2008, νοείται για την εφαρμογή των νέων ως άνω διατάξεων η ημερομηνία 16.2.2009. Ειδικά σε ό,τι αφορά τυχόν υποβληθείσες συμπληρωματικές – τροποποιητικές δηλώσεις (σχετική η παρ.1 της εγκυκλίου 1116477/5189/ΔΕ-Β/ΠΟΛ.1156/21.11.2008), λαμβάνονται υπόψη οι δηλώσεις που έχουν υποβληθεί μέχρι 25.9.2008.
Για την πληρέστερη κατανόηση των προαναφερόμενων, παρατίθενται τα ακόλουθα ενδεικτικά παραδείγματα:

Παράδειγμα 1ο
Σε επιχείρηση κοινοποιήθηκε κατά τον Δεκέμβριο του 2008 το Εκκαθαριστικό Σημείωμα περαίωσης από την αρμόδια ΔΟΥ, στο οποίο περιλαμβάνονται οι χρήσεις 2000 έως και 2006. Όμως, παρήλθε άκαρπη η προθεσμία των 10 ημερών από την κοινοποίηση, με αποτέλεσμα να μην περαιωθεί η υπόθεση, για την οποία δεν έχει διενεργηθεί εν τω μεταξύ έλεγχος ούτε περιήλθαν στη ΔΟΥ τυχόν επιβαρυντικά στοιχεία. Στην περίπτωση αυτή, παρέχεται στην εν λόγω επιχείρηση εκ νέου η δυνατότητα περαίωσης των προαναφερόμενων χρήσεων, με αποδοχή εκ μέρους της του ήδη εκδοθέντος Εκκαθαριστικού Σημειώματος, ως έχει.
Η περαίωση θα πρέπει να γίνει το αργότερο εντός 10 ημερών από την επίδοση σχετικής πρόσκλησης από τη ΔΟΥ ή από την υποβολή στη ΔΟΥ σχετικής αίτησης του ίδιου του επιτηδευματία. Η πρόσκληση ή η αίτηση θα πρέπει να επιδοθεί ή υποβληθεί, αντίστοιχα, το αργότερο μέχρι τις 27.2.2009.

Παράδειγμα 2ο
Έστω ότι η επιχείρηση του προηγούμενου παραδείγματος ελέγχθηκε εν τω μεταξύ με τακτικό έλεγχο, καθόσον δεν αποδέχθηκε το κοινοποιηθέν Εκκαθαριστικό Σημείωμα και από τον έλεγχο προσδιορίστηκαν ακαθάριστα έσοδα μεγαλύτερα των δηλωθέντων και περιληφθέντων στο σχετικό Εκκαθαριστικό Σημείωμα. Στην περίπτωση αυτή, με την ίδια διαδικασία (πρόσκληση ή αίτηση) και στις ίδιες προθεσμίες (αν έχουν ασκηθεί ήδη προσφυγές, πρέπει να υποβληθεί και η σχετική αίτηση μέχρι 20.2.2009), μπορεί να γίνει περαίωση με επανέκδοση τροποποιημένου του αρχικού Εκκαθαριστικού Σημειώματος υπό το βάρος των νέων δεδομένων του ελέγχου (αποκρυβείσα φορολογητέα ύλη κ.λπ.), εφόσον οι κοινοποιηθείσες καταλογιστικές πράξεις δεν έχουν οριστικοποιηθεί και από τον έλεγχο δεν προέκυψε λόγος εξαίρεσης. Στην περίπτωση αυτή, ευνόητο είναι ότι το αρχικά εκδοθέν Εκκαθαριστικό Σημείωμα θα παραμείνει στον φάκελο της υπόθεσης. Τα ίδια ως άνω ισχύουν ανάλογα και σε περίπτωση που εν τω μεταξύ περιήλθαν στη ΔΟΥ επιβαρυντικά για την επιχείρηση στοιχεία ή πληροφορίες.

Παράδειγμα 3ο
Έστω ότι για επιχείρηση εκδόθηκε Εκκαθαριστικό Σημείωμα περαίωσης για τις χρήσεις 2002 έως και 2006 και τελικά αυτή περαίωσε κατά τον Δεκέμβριο του 2008 μόνο τις χρήσεις 2002 και 2003, ως είχε δικαίωμα. Στην περίπτωση αυτή, μπορούν να περαιωθούν και οι επόμενες χρήσεις 2004 έως και 2006, με επανέκδοση του οικείου Εκκαθαριστικού Σημειώματος για όλες τις χρήσεις 2002 έως και 2006, εκ των οποίων θα γίνει περαίωση με σχετική μνεία στην οικεία πράξη αποδοχής μόνο των χρήσεων 2004 έως 2006 και με βεβαίωση και καταβολή των ποσών φόρων κ.λπ. που προκύπτουν για τις συγκεκριμένες αυτές περαιούμενες χρήσεις (2004 έως 2006), κατά τις διατάξεις των άρθρων 10 και 11 του Ν.3259/2004, όπως ισχύουν, χωρίς να θίγεται και χωρίς να λαμβάνεται υπόψη η προηγηθείσα βεβαίωση από την περαίωση των χρήσεων 2002 και 2003.

Παράδειγμα 4ο
Έστω ότι επιχείρηση για τις χρήσεις 2000 έως και 2003 που είχε ελεγχθεί με τακτικό έλεγχο, άσκησε εμπρόθεσμες προσφυγές. Στη συνέχεια, περαίωσε κατά τον Δεκέμβριο του 2008 με αποδοχή του οικείου Εκκαθαριστικού Σημειώματος τις επόμενες χρήσεις 2004 έως και 2006, επιλέγοντας να μην περαιώσει τις χρήσεις 2000 έως και 2003, αν και οι οικείες υποθέσεις δεν είχαν συζητηθεί στο ακροατήριο του δευτεροβάθμιου διοικητικού δικαστηρίου. Στην περίπτωση αυτή, παρέχεται εκ νέου η δυνατότητα να περαιωθούν και οι προαναφερόμενες χρήσεις για τις οποίες έχουν ασκηθεί προσφυγές, εφόσον μέχρι τις 20.2.2009 υποβληθεί από τον επιτηδευματία αίτηση στον προϊστάμενο της αρμόδιας ΔΟΥ και βεβαίωση του αρμόδιου διοικητικού δικαστηρίου ότι η υπόθεσή του δεν έχει συζητηθεί στο ακροατήριο. Κατά τα λοιπά, ως προς τη διαδικασία έκδοσης του οικείου Εκκαθαριστικού Σημειώματος, καθώς και βεβαίωσης και καταβολής των οικείων ποσών φόρων κ.λπ., ισχύουν ανάλογα όσα αναφέρονται σχετικά στο προηγούμενο παράδειγμα, με την επισήμανση ότι εν προκειμένω το Εκκαθαριστικό Σημείωμα θα περιέχει τις χρήσεις 2004 έως και 2006 που εξ αρχής περιείχε και επιπλέον και τις χρήσεις 2000 έως και 2003, για τις οποίες και μόνο θα γίνει η περαίωση.

Γ. Λοιπές πρόσθετες οδηγίες
1. Στις περιπτώσεις παράβασης ανακρίβειας απογραφής ως προς την ποσότητα ή την αξία, οι σχετικές επιπτώσεις βαρύνουν τόσο τη χρήση που αφορά την απογραφή λήξης, όσο και τη χρήση που αφορά την απογραφή έναρξης.
2. Στην περίπτωση που υποβλήθηκε προσφυγή κατά φύλλου ελέγχου και από την αρμόδια φορολογική Αρχή η ως άνω προσφυγή θεωρήθηκε εκπρόθεσμη, ενώ αυτή ήταν εμπρόθεσμη, η οικεία υπόθεση υπάγεται στη ρύθμιση της περαίωσης, εφόσον βέβαια πληρούνται οι λοιπές προϋποθέσεις και μπορεί να υποβληθεί σχετική αίτηση μέχρι 20.2.2009. Στην περίπτωση αυτή, με το ποσό που προκύπτει από το Εκκαθαριστικό Σημείωμα, συμψηφίζεται το ποσό που έπρεπε αρχικά να βεβαιωθεί (προβεβαίωση), μη επιστρεφόμενης της τυχόν αρνητικής διαφοράς και το επιπλέον ποσό που έχει ήδη βεβαιωθεί διαγράφεται, λαμβανομένων υπόψη και των οδηγιών της παρ. 4 του άρθρου 5 της υπ’ αριθ. 1098594/4811/ΔΕ-Β/ΠΟΛ.1130/2.10.2008 εγκυκλίου.
3. Εξαιρούνται της ρύθμισης της περαίωσης οι επιχειρήσεις που δεν έχουν ακόμα τεθεί σε πραγματική λειτουργία, δηλαδή αυτές που δεν απόκτησαν έσοδα από τη δραστηριότητά τους στις υπαγόμενες στη ρύθμιση διαχειριστικές περιόδους (π.χ. εξαιρείται ξενοδοχειακή μονάδα υπό κατασκευή, η οποία δεν δήλωσε τελικά ακαθάριστα έσοδα από τη δραστηριότητά της αυτή στις υπαγόμενες διαχειριστικές περιόδους μέχρι και 2006).
4. Σύμφωνα με τα ήδη προβλεπόμενα, σε περιπτώσεις εκκρεμών αιτημάτων επιστροφής πιστωτικού υπολοίπου ΦΠΑ, η διαδικασία επιστροφής κατά τις κείμενες διατάξεις (σχετική η απόφαση 1060481/4643/810/Α0014/ΠΟΛ.1073/21.7.2004) προηγείται της περαίωσης της υπόθεσης (παρ. 1γ’ του άρθρου 7 της εγκυκλίου 1098594/4811/ΔΕ-Β/ΠΟΛ.1130/2.10.2008). Σε σχέση με το θέμα αυτό, διευκρινίζεται περαιτέρω ότι τα παραπάνω έχουν εφαρμογή, εφόσον το αίτημα επιστροφής αφορά υπαγόμενες στη ρύθμιση της περαίωσης χρήσεις μέχρι και 2006 ή και μη υπαγόμενες επόμενες χρήσεις, εφόσον στην τελευταία αυτή περίπτωση υφίσταται οποιαδήποτε παράβαση ή πληροφορία που οδηγεί καταρχήν σε ανακρίβεια των βιβλίων και στοιχείων, κατά τις παρ. 4 και 6 του άρθρου 30 του ΚΒΣ, οποιασδήποτε ανέλεγκτης χρήσης, ανεξάρτητα από το αν επηρεάζεται ή όχι τελικά το κύρος των βιβλίων και στοιχείων, σύμφωνα με τις παρ. 7 και 8 του ίδιου άρθρου 30 του ΚΒΣ.
5. Σημειώνεται ιδιαιτέρως ότι, λόγω του μικρού διαστήματος κατά το οποίο θα εκδίδονται από τις ΔΟΥ ή θα υποβάλλονται από τους ίδιους τους επιτηδευματίες Εκκαθαριστικά Σημειώματα περαίωσης κατ’ εφαρμογή των νέων διατάξεων του άρθρου 89 του Ν.3746/2009 (μέχρι 27.2.2009), είναι σκόπιμο κατά το διάστημα αυτό να δοθεί έμφαση από τις ΔΟΥ στην έκδοση των εν λόγω σημειωμάτων για όσο το δυνατόν μεγαλύτερο αριθμό υπαγόμενων υποθέσεων, με ιεράρχηση αυτών, τα οποία και θα κοινοποιηθούν περαιτέρω χωρίς καθυστέρηση στους επιτηδευματίες. Προς τούτο, είναι ανάγκη να ενεργοποιηθεί ο μεγαλύτερος δυνατός αριθμός προσωπικού των ΔΟΥ.